Искам да предложа следния дизайн (много подобен на вашия):
Първо, ще имаме три таблици
USER -- UserId, other fields
COMPANY -- CompanyId, other fields
PHONE -- PhoneId, PhoneNumber
След това има две таблици за съхраняване на релацията
COMPANY_PHONE -- CompanyId, PhoneId
USER_PHONE -- UserId, PhoneId