Току що имах подобен проблем.
След допълнително проучване разбрах, че съм забравил да направя connection.commit() след изтриването или, както намерих някъде другаде, можете просто да направите cursor.execute("set autocommit = 1") преди да извършите каквито и да било други операции с данни, за да бъдат автоматично ангажирани веднага, ако не се нуждаете от контрол върху ангажиментите на транзакции.
Това може да е бил проблемът с кода на Cmag, но без да виждате повече, е трудно да се каже.