Както разбирам - методите, които имат заместители за параметрите на заявката ($wpdb->insert() , $wpdb->update() , $wpdb->delete() ) не се нуждаят от $wpdb->prepare() метод и те вече са безопасни.
Но другите - те нямат заместители, се нуждаят от допълнително екраниране на sql.