Опитайте това:
UPDATE table1
INNER JOIN table2 USING (customer_id)
SET table1.customer_id = 999, table2.customer_id = 999
WHERE table1.customer_id = 3
Никога не съм го опитвал с актуализация на ключовите колони като тази, но това ще работи за други колони, така че си струва да опитате.