Използване на присъединяване с групирани редове с данни

Проблемът е, че когато използвате GROUP BY , можете само SELECT агрегати и колоните, по които сте групирали.

invoices.id е колона, която се опитахте да изберете, но не групирате. Мисля, че вероятно искате да добавите тази колона към GROUP BY клауза.

SELECT 
   invoices.id, 
   sum(grossTotal)-IFNULL(depositsCheck.previouslyPaid,0) as todayTotal, 
   depositsCheck.previouslyPaid, sum(grossTotal) as grossTotal  
FROM `invoices`    
    LEFT JOIN (SELECT SUM(amount) as previouslyPaid, invNo 
    FROM deposits 
    GROUP BY invNo) depositsCheck ON depositsCheck.invNo=invoices.id 
GROUP BY  invoices.paymentType, invoices.id ORDER BY id DESC

За примерните таблици, които сте дали, вероятно ще даде:

id    |    paymentType     |     grossTotal   |    dateTime   |   previouslyPaid
1     |         Cash       |        1000      |   UNIX TIME   |       150
2     |         Card       |        1350      |   UNIX TIME   |       350
3     |         Card       |        1250      |   UNIX TIME   |         0
4     |         Card       |        750       |   UNIX TIME   |         0

Но като цяло ще имате нещо като:

id    |    paymentType     |     grossTotal   |    dateTime   |   previouslyPaid
1     |         Cash       |        1000      |   UNIX TIME   |       150
1     |         Card       |        1000      |   UNIX TIME   |       300
2     |         Cash       |        1350      |   UNIX TIME   |       350
2     |         Card       |        1350      |   UNIX TIME   |       350

Където можете да видите по-горе, за фактура 1 150 са платени в брой, а 300 са платени с карта.