php, mysql сървърът е изчезнал

Предполагам, че проблемът ви е, че скриптът може да се изпълнява много дълго време, преди да изпрати първата заявка за UPDATE.

Трябва да проверите стойността на wait_timeout в my.cnf. Можете да проверите своя wait_timeout, като изпълните заявката „SHOW VARIABLES;“

Можете също да опитате да въведете част от кода, за да извършите повторно свързване:

if (!mysql_ping ($conn)) {
   //here is the major trick, you have to close the connection (even though its not currently working) for it to recreate properly.
   mysql_close($conn);
   $conn = mysql_connect('localhost','user','pass');
   mysql_select_db('db',$conn);
}

Комбинирайки с вашия код, това би било:

mysql_connect("localhost", "xxx", "xxx") or die(mysql_error());
mysql_select_db("xxx") or die(mysql_error());
$sql = mysql_query("SELECT id FROM db");
while ($data = mysql_fetch_assoc($sql)) {
    if (!mysql_ping ()) {
       //here is the major trick, you have to close the connection (even though its not currently working) for it to recreate properly.
       mysql_close();
       mysql_connect("localhost", "xxx", "xxx") or die(mysql_error());
       mysql_select_db("xxx") or die(mysql_error());
    }

    $ids[] = $data['id'];
    $content = file_get_contents("http://www.id.com/?id=$id");
    if (stristr($content, "the id is ok man")) {
        mysql_query("UPDATE db SET status = 'OK' WHERE id = '$id'");
    }
}