Можете да опитате да зададете max_allowed_packet параметър само за една сесия
:
sql ='SET SESSION max_allowed_packet=500M'
cursor.execute(sql)
sql = ...
args = ...
cursor.executemany(sql, args)
Ако това работи, можете да оставите кода такъв, какъвто е, или да промените вашия my.cnf файл (знаейки, че това решава проблема с изпълнението на много).
