Щях да предложа да присвоя статичен IP на двигателя на приложението, но изглежда, че това не е възможно в App engine (въпреки това е възможно в компютърната машина). Така че нека да се справим с корена на проблема, тъй като не можете да получите достъп до облачния sql от App engine, сигурни ли сте, че сте следвали инструкциите на следната връзка към писмото?
https://cloud.google.com/nodejs/getting-started /using-cloud-sql
Това може да реши проблема ви с връзката, ако не сте го направили.