mysqldump също създава дъмп на външни ключове... добавя синтаксис като:
mysql> SET foreign_key_checks = 0;
mysql> SOURCE dump_file_name;
mysql> SET foreign_key_checks = 1;
Можете да прочетете ръководството на адрес:http://dev.mysql.com/doc/refman/5.6/en/create-table-foreign-keys.html за mysqldump на външни ключове