Опитахте ли #define HAVE_INT8_T (и подобно, предполагам, че същото се случва и за други типове), преди да включите заглавката на MySQL?
т.е. нещо като
...
#define HAVE_INT8_T
#include "MySQL.h"
...
РЕДАКТИРАНЕ:Ако MySQL.h включва нещо като "config.h", което отново прецаква нещата, можете да опитате директно да включите този config.h, след това да коригирате неправилните дефиниции и след това да включите MySQL.h. Вероятно ще има предпазител за включване около config.h, за да се предотврати повторното му включване.