Имате нужда от .sequelizerc
в корена на вашия проект и съдържа нещо подобно:
module.exports = {
'config': 'database/config.js',
'migrations-path': 'database/migrations',
'seeders-path': 'database/seeders'
}
И трябва да посочите къде са разположени вашите миграции.