Аз се сблъсках със същия проблем. В допълнение към използването на тези:
cnxn.setdecoding(pyodbc.SQL_CHAR, encoding='utf-8')
cnxn.setdecoding(pyodbc.SQL_WCHAR, encoding='utf-8')
cnxn.setencoding(encoding='utf-8')
Добавянето на това реши проблема за мен:
cnxn.setdecoding(pyodbc.SQL_WMETADATA, encoding='utf-32le')