Опитайте това с coalesce
ON DUPLICATE KEY UPDATE
wp_second.GEARTYPE= COALESCE(wp_first.vessel_type, wp_second.GEARTYPE),
wp_second.flag= COALESCE(wp_first.flag, wp_second.flag),
wp_second.vname= COALESCE(wp_first.vessel_name, wp_second.vname)
? е стойността, която искате да бъде, ако е нула