Можете да посочите базата данни, като използвате синтаксиса databasename.tablename
Пример:
SELECT
mydatabase1.tblUsers.UserID,
mydatabse2.tblUsers.UserID
FROM
mydatabase1.tblUsers
INNER JOIN mydatabase2.tblUsers
ON mydatabase1.tblUsers.UserID = mydatabase2.tblUsers.UserID