Както казахте, вашият persistence.xml е под src/main/resources така че може да не е в състояние да го прочете
трябва да го поставите под src/main/resources/META-INF
Добавете още нещо
<property name="openjpa.jdbc.SynchronizeMappings" value="buildSchema(ForeignKeys=true)"/>
към вашия persistence.xml.
Ако добавите openjpa.jdbc.SynchronizeMappings свойството, както е показано по-долу, OpenJPA ще създаде автоматично всички ваши таблици, всичките ви първични ключове и всички външни ключове, за да съвпадат точно с вашите обекти
