Как да конвертирате MySQL таблица в JSON с помощта на PHP?

За да сте в безопасност, използвайте json_encode така:

$real = array_map(function($a) { return $a["real"]; }, $rows);
$orcamento = array_map(function($a) { return $a["orcamento"]; }, $rows);
$desvio = array_map(function($a) { return $a["desvio"]; }, $rows);

echo json_encode(array(
    array('name' => 'orcamento', 'data' => $orcamento),
    array('name' => 'real', 'data' => $real),
    array('name' => 'desvio', 'data' => $desvio)
));

(но по същество във вашия оригинален изход [ и ] за да заобиколите обектите липсват и трябва да използвате двойни кавички " за цитиране на клавишите и низовете)