MySQL пропуска редове, които потребителят вече е видял при проверка на видяна таблица

Трябва да преместите ограничението на uuid_user от WHERE клауза към ON клауза на присъединяването:

SELECT * 
FROM maintable m 
LEFT JOIN seentable s 
    ON m.uuid = s.uuid AND s.uuid_user = '[user]'
WHERE s.uuid IS NULL;

Горното е логиката, която искате тук. Сега успешното свързване между записи от двете таблици се случва винаги, когато uuid стойностите съвпадат с и когато uuid_user стойност от видяната таблица съвпада с някаква стойност. Обърнете внимание, че трябва uuid_user стойност не съвпада с всеки запис, той няма да бъде филтриран, което ще се случи с текущата ви заявка.