Две маси, с връзка една към много. Как да обединя стойности без дублиращи се редове?

За съжаление не можете да направите това само в MySQL. В резултатния набор не можете да имате редове с различни (брой) колони. Имате нужда от внедрена логика на приложението. Най-близкото, до което можете да стигнете, е:

select m.id, GROUP_CONCAT(voto SEPARATOR ',') 
from messages m 
left join votations v on v.messageID = m.id
group by m.id;

Това ще върне този формат:

ID  GROUP_CONCAT(VOTO SEPARATOR ',')
1   2,5,6
2   2,12,3

Можете да видите, че това работи тук:http://sqlfiddle.com/#!2/241a8/ 3