Намерих решение за това, което обяснявам тук . По същество Doctrine премахва външните ключове за кръстосани бази данни по подразбиране, тъй като не всички системи за бази данни го поддържат, но можете да го деактивирате, като коментирате някакъв код в библиотеката Doctrine.
