С JPA трябва да направите следното
int num = ((Number)this.entityManager.createNativeQuery("select count(*) from your_table_name")
.getSingleResult()).intValue();
редактирано:
String name = this.entityManager.createNativeQuery("select t.name from your_table_name t limit 1").getSingleResult().toString();
ще получите count с num обект
Надявам се, че ще ви помогне.