Сортирайте данните по PRIMARY KEY . Вероятно ще бъде по-бързо да сортирате 40GB файл с командата sort, отколкото MySQL да го направи.
Задайте innodb_buffer_pool_size до около 70% от наличната RAM памет. Колко RAM имате?
Имайте PRIMARY KEY вече установено на масата.
Нямате вторични индекси или FOREIGN KEYs или Тригери. Добавете ги по-късно. Да, отнема време.
Потвърдете, че наистина ще имате нужда от всички тези индекси.
Данните могат да бъдат леко свити, като изберете DECIMAL(20,6) по-малък от 10 байта .
