Изтриване на таблици с mysqli_multi_query()

Не съм сигурен защо искате да го направите така, има по-добри начини, но за да отговорите на въпроса си, направете го така:

$queryDel = "
delete from inscription where NUM_INSCRIPTION= $NUM_INSCRIPTION ;
delete from bource where ID_BOURCE = $ID_BOURCE ;
delete from class where ID_CLASS = $ID_CLASS ;
delete from project where ID_PROJECT = $ID_PROJECT ;
delete from annee_scolaire where ID_ANNEE = $ID_ANNEE ;
delete from eleve where CIN_ELEVE = '$InputCIN'; ";

$result=mysqli_multi_query($con,$queryDel);

и също така не забравяйте да изчистите резултатите, в противен случай няма да можете да изпълните друга заявка, но не мисля, че изтриването ще върне резултат.

while(mysqli_next_result($con)){;} //clear any remaining query results.

също така не забравяйте, че ако една заявка е неуспешна, всички останали няма да се изпълняват. така че, за да отстраните грешките, опитайте първо да изпълните всяка заявка отделно и се уверете, че всичко работи, тъй като това е изразът за изтриване, който архивира вашата база данни, преди да стартирате заявката и да възстановите, когато е необходимо.