Не използвайте „ “ за $invoice, защото когато го използвате е като „1,2,3“, където трябва да бъде като „1“, „2“, „3“ или 1,2,3
Мисля, че вашата заявка трябва да бъде както по-долу
"актуализиране на набора фактура платено =1, date_recieved ='$date', check_number ='$check', където invoice_number IN ($invoice)"