JPA не позволява обект, направен от колони от множество таблици?

Не разбирам напълно настройката ти.

@SecondaryTable е за съхраняване на един обект в множество таблици, но във вашия случай имате връзка много към едно между различни обекти (всяко от тях се съхранява в собствената си таблица) и трябва да бъде картографирано като такова:

@Entity 
@Table(name="server") 
public class Server { 
    @ManyToOne
    @JoinColumn(name = "cluster_uuid")
    private Cluster cluster;
    ...
}