Не архивирате information_schema, но в противен случай, да, запазете копие на вашия my.cnf и дъмп на mysql db таблиците и настройките на журнала. За да направите това, направете:
mysqldump -u$user -p$pass --all-databases > db_backup.sql
Ако възнамерявате да възстановите до 100% същата версия на MySQL, можете също да архивирате, като изключите сървъра си и направите пълно копие на съдържанието на /var/lib/mysql (или където и да са вашите файлове с данни) заедно с вашият my.cnf файл. След това просто пуснете копието обратно на мястото си, когато искате да излезете на живо и включете сървъра си.