Използвайте c3p0 за басейн, той се използва готов за производствена употреба
Използвайте този параметър (можете да промените, за да оптимизирате), който ще запази връзката ви активна
<property name="hibernate.c3p0.timeout">1800</property>
<property name="hibernate.c3p0.idle_test_period">100</property>
РЕДАКТИРАНЕ. Можете също да увеличите 8-часовото ограничение с параметъра по-долу
http://dev.mysql.com /doc/refman/5.0/en/server-system-variables.html#sysvar_wait_timeout