Проверете дали вече съществува потребителско име с помощта на PHP

Ръчно добавяте интервали около потребителското си име, така че да изглежда, че не съществува:

$query = "SELECT * from User WHERE username=' ".$username." ' ";
                                             ^             ^

Трябва да бъде:

$query = "SELECT * from User WHERE username='".$username."' ";

Използването на подготвено изявление ще избегне този проблем и потенциални проблеми с инжектирането на sql наведнъж:

$query = "SELECT * from User WHERE username=?";

Също така се уверете, че използвате последователно имената на вашите таблици и колони:User не е непременно същото като user .

Забележка също че никога не трябва да съхранявате пароли с обикновен текст в база данни, трябва да посолете и ги хеширайте .