Проверете дали колоната съществува, ако не, добавете в MySQL чрез PHP

Можете да промените своя SQL на...

//THIS IS BETTER BUT DONT USE THIS
$qry = "ALTER IGNORE TABLE {$table} ADD {$column} VARCHAR(20);"

Вместо това използвайте PHP PDO или MySQLi с подготвени изрази. Вместо този наследен ужас със свързани неекранирани низове.

Решение на MySQLi:

$mysqli = new mysqli($cfg->host, $cfg->user, $cfg->password, $cfg->db);

if ($mysqli->connect_errno) {
    echo 'Connect failed: ', $mysqli->connect_error, '" }';
    exit();
}

if ($stmt = $mysqli->prepare("ALTER IGNORE TABLE ? ADD ? VARCHAR(20);")) {
    $stmt->bind_param("ss", $table, $column);
    $stmt->execute();
    $stmt->close();
}
$mysqli->close();