Можете да използвате JDBC - стандартното средство за накаране на Java да говори с бази данни. Ще ви трябва подходящият MySQL JDBC шофьор. Apache DbUtils предоставя някои полезни класове около JDBC и би било полезно.
Ако искате API от по-високо ниво, което отнема част от шаблона, проверете Интеграция на Spring на JDBC .
Ако искате ORM (обектно-релационно картографиране), тогава Хибернация е добър избор.
Използвах и трите в Scala с успех.