Както Тереско казва, имената на MySQL са чувствителни към главни букви на *NIX платформи и нечувствителни на Windows. Ако разработите код за поддръжка и на двете (както аз правя), тогава смесването на вашите случаи може да причини огромно главоболие:например, изхвърлете база данни на Windows и я възстановите в *NIX и всичките ви случаи ще бъдат загубени. Всъщност трябваше да кладем код, за да открием и коригираме случаите в сметището само поради тази причина.
Ако нямате Windows, всъщност няма значение какво използвате, стига да го поддържате последователно.