Това зависи изцяло от типа на вашия сайт. Ако изграждате малък проект само с уеб интерфейса, останете с вашите mysql повиквания.
Ако правите сайт, който ще стане голям и ще обслужва повече от една услуга, напр. приложение за android/iPhone вече е планирано, изградете API и оставете и двете приложения да го използват. API са чудесни за мащабируемост и обслужване на много клиенти. Въпреки това, за уеб представяне, напр. за вашия местен зъболекар това е просто над главата.
