site.cfg в същата директория като setup.py търсеше грешен регистрационен ключ, в края на файла е
# The Windows registry key for MySQL.
# This has to be set for Windows builds to work.
# Only change this if you have a different version.
registry_key = SOFTWARE\MySQL AB\MySQL Server 5.0
Потопих се в системния регистър и намерих HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\MySQL AB\ и видях, че имам 5.1 вместо това,
съобщавам за друга грешка сега, но този въпрос е решен поне;)