В InnoDB, update
операторите заключват всеки ред, който сканират. Това означава, че за да актуализира вашите 200 реда, той трябва да създаде 350 000 заключвания на ниво ред, като същевременно запазва заключване за връщане назад и предоставя предишната стойност на всички транзакции, които четат вече променената стойност (тъй като транзакцията не е ангажимент и промяната не е окончателна)
MyISAM от друга страна заключва цялата таблица.
Така че, ако трябва да актуализирате всички редове, заключете цялата таблица и ще получите много по-добра производителност (няма да се нуждаете от заключване на ниво ред)
Но още по-добре, осигурете клауза WHERE, както направихте, и InnoDB ще придобие ключалки само за съвпадащите редове (както и някои заключване на пропуски в индексното дърво, но това е извън обхвата на въпроса)