Отговарям отново на себе си:
В крайна сметка първо използвахме socketTimeout, посочен за драйвера на MySQL, така че тестът на връзката да не блокира.
Изглежда, че основните TCP връзки са завършили така, че няма отговор от сървъра (TCP ACK или нещо друго).
АКТУАЛИЗАЦИЯ:Окончателното решение беше получено с даване на tcpdump за поддръжка на AWS, те откриха някакъв случай в инфраструктурата на AWS. Те ни посъветваха да отворим обхвата на ефимерните портове в групата за сигурност на нашия EC2 екземпляр. Още дискусия във форум на AWS .
