Битът „ALTER TABLE“ трябва да дойде първо, а след това всяка част трябва да бъде разделена със запетая:
ALTER TABLE gitags_items
DROP PRIMARY KEY,
ADD COLUMN id INT NOT NULL AUTO_INCREMENT FIRST,
ADD PRIMARY KEY (id,component,tag_id,item_id);
но не съм сигурен дали можете да пуснете и да създадете първичен ключ в същото изявление.