SELECT id,x,y FROM `chars` WHERE `mapa`='1' and id <> '3'
Какъв е типът данни на id все пак? Ако числово искате да използвате
SELECT id,x,y FROM `chars` WHERE `mapa`='1' and id <> 3
В MySQL можете също да използвате != вместо <> но <> е ANSI и по-преносим
.