Документацията на peewee говори за този проблем, ето връзката:Грешка 2006:MySQL сървърът е изчезнал
Така че имате някои проблеми с управлението на връзката с вашата база данни.
Тъй като не мога да възпроизведа проблема ви, можете ли да опитате този, затворете базата си по следния начин:
@app.teardown_appcontext
def close_database(error):
db.close()
И може да получите малко информация от документа:Стъпка 3:Връзки с база данни