Как да изберете и/или изтриете всички, освен един ред от всеки набор от дубликати в таблица?

Ето едно решение. Тествах това на MySQL 5.5.8.

SELECT MAX(COALESCE(c2.id, c1.id)) AS id,
 c1.driver_id, c1.car_id,
 c2.notes AS notes
FROM cars_drivers AS c1
LEFT OUTER JOIN cars_drivers AS c2
 ON (c1.driver_id,c1.car_id) = (c2.driver_id,c2.car_id) AND c2.notes IS NOT NULL
GROUP BY c1.driver_id, c1.car_id, c2.notes;

Включвам c2.notes като ключ GROUP BY, защото може да имате повече от един ред с ненулеви бележки за стойности на driver_id,car_id.

Резултат, използвайки вашите примерни данни:

+------+-----------+--------+-------+
| id   | driver_id | car_id | notes |
+------+-----------+--------+-------+
|    2 |         1 |      1 | NULL  |
|    4 |         2 |      1 | NULL  |
|    8 |         3 |      2 | hi    |
|    9 |         5 |      3 | NULL  |
+------+-----------+--------+-------+

Относно изтриването. Във вашите примерни данни това винаги е най-високата стойност на идентификатор за driver_id и car_id, които искате да запазите. Ако можете да разчитате на това, можете да направите изтриване на няколко таблици, което изтрива всички редове, за които съществува ред с по-висока стойност на идентификатора и същия driver_id и car_id:

DELETE c1 FROM cars_drivers AS c1 INNER JOIN cars_drivers AS c2
 ON (c1.driver_id,c1.car_id) = (c2.driver_id,c2.car_id) AND c1.id < c2.id;

Това естествено пропуска всички случаи, при които съществува само един ред с дадена двойка стойности driver_id и car_id, тъй като условията на вътрешното свързване изискват два реда с различни стойности на идентификатора.

Но ако не можете да разчитате на последния идентификатор на група, който искате да запазите, решението е по-сложно. Вероятно е по-сложно, отколкото си струва да се реши с едно твърдение, така че го направете с две изявления.

Тествах и това, след като добавих още няколко реда за тестване:

INSERT INTO cars_drivers VALUES (10,2,3,NULL), (11,2,3,'bye');

+----+--------+-----------+-------+
| id | car_id | driver_id | notes |
+----+--------+-----------+-------+
|  1 |      1 |         1 | NULL  |
|  2 |      1 |         1 | NULL  |
|  3 |      1 |         2 | NULL  |
|  4 |      1 |         2 | NULL  |
|  5 |      2 |         3 | NULL  |
|  6 |      2 |         3 | NULL  |
|  7 |      2 |         3 | NULL  |
|  8 |      2 |         3 | hi    |
|  9 |      3 |         5 | NULL  |
| 10 |      2 |         3 | NULL  |
| 11 |      2 |         3 | bye   |
+----+--------+-----------+-------+

Първо изтрийте редове с нулеви бележки, където съществува ред с ненулеви бележки.

DELETE c1 FROM cars_drivers AS c1 INNER JOIN cars_drivers AS c2
 ON (c1.driver_id,c1.car_id) = (c2.driver_id,c2.car_id)
WHERE c1.notes IS NULL AND c2.notes IS NOT NULL;

+----+--------+-----------+-------+
| id | car_id | driver_id | notes |
+----+--------+-----------+-------+
|  1 |      1 |         1 | NULL  |
|  2 |      1 |         1 | NULL  |
|  3 |      1 |         2 | NULL  |
|  4 |      1 |         2 | NULL  |
|  8 |      2 |         3 | hi    |
|  9 |      3 |         5 | NULL  |
| 11 |      2 |         3 | bye   |
+----+--------+-----------+-------+

Второ, изтрийте всички редове с най-висок идентификатор от всяка група дубликати.

DELETE c1 FROM cars_drivers AS c1 INNER JOIN cars_drivers AS c2
 ON (c1.driver_id,c1.car_id) = (c2.driver_id,c2.car_id) AND c1.id < c2.id;

+----+--------+-----------+-------+
| id | car_id | driver_id | notes |
+----+--------+-----------+-------+
|  2 |      1 |         1 | NULL  |
|  4 |      1 |         2 | NULL  |
|  9 |      3 |         5 | NULL  |
| 11 |      2 |         3 | bye   |
+----+--------+-----------+-------+