MySQL, PHP:Изберете * от таблица, където идентификаторът не е в масива

В случай, че $all е масивът, от който искате да извлечете нежеланите идентификатори, това може да е това, от което се нуждаете след предоставения от вас код:

$ids_to_exclude = array();

// iterate through servers
foreach ($all as $server_id => $dates) {
    // iterate through dates of each server
    foreach ($dates as $date => $id) {
        // If a value is not in the array, add it.
        // In case ids don't repeat, you won't need this if
        if (!in_array($id, $ids_to_exclude)) {
             // add $id to the array
             $ids_to_exclude[] = $id;
        }
    }
}

$sql_condition = "where `id` not in (".implode(",",$ids_to_exclude).")";

Просто бъдете внимателни, когато пишете заявки с конкатенация на низове. Прочетете за SQL инжектиране и как да го предотвратим. Използвайте Подготвени изявления вместо чиста конкатенация.