Мисля, че най-лесно би било да имаш фиктивна/временна таблица само с идентификатори. 1-1000, след което ляво се присъединява към тази маса.
Но не забравяйте да премахнете "изтритите" записи от вашата фиктивна/временна таблица, след като сте готови. В противен случай те ще се показват всеки път.
>> РЕДАКТИРАНЕ << Можете да направите самостоятелно присъединяване, за да разберете дали ви липсват идентификатори....
select a.id + 1 MissingIds
from <table> a
left join <table> b
on a.id = b.id - 1
where b.id is null
and a.id < 10000
