За да се свържете през порт (а не по подразбиране 3306), използвайте:
mysqldump -u root -pmypassword -P 3308 dbname > out.sql
Освен това, прост тест, за да видите дали MySQL отговаря на порт 3308, е да опитате telneting:
telnet 127.0.0.1 3308
Ако MySQL слуша на порт 3308, той ще отговори с грешка и версията ще работи.