Вземете списък със стоп думи (не-ключови думи) от тук, човекът дори ги е форматирал в php вместо вас.http://armandbrahaj.blog.al/2009/04/14/list-of-english-stop-words/
След това просто направете preg_replace на низа, който индексирате.
Това, което съм правил в миналото, е да премахна суфикси като 's', 'ed' и т.н. с регулярен израз и да използвам същия регулярен израз в низа за търсене. Все пак не е идеално. Това беше за основен уебсайт само с 200 страници.
Ако сте загрижени за производителността, може да помислите да използвате търсачка като Lucine (solr) вместо база данни. Това ще направи индексирането много по-лесно. Тук не искате да изобретявате колелото.