В migrations/env.py файл, ще намерите кода, който е отговорен за този проблем.
config.set_main_option('sqlalchemy.url',
current_app.config.get('SQLALCHEMY_DATABASE_URI'))
Ако има % подписва в SQLALCHEMY_DATABASE_URI , това ще доведе до грешка.
Можете да разрешите това, като редактирате migrations/env.py файл и промяна на реда в нарушение, както следва
db_url_escaped = current_app.config.get('SQLALCHEMY_DATABASE_URI').replace('%', '%%')
config.set_main_option('sqlalchemy.url', db_url_escaped)
Вижте също документацията на set_main_option :