Това звучи трудно. Не разбирам защо 32000 - mysql отказва да създаде повече бази данни от това? Каква грешка получавате? Изглежда произволно - може би това е конфигурационна променлива, която може да се променя?
Няколко възможности. Можете да стартирате повече от един mysql сървър , всеки с различна директория с данни. Не мисля, че би помогнало, но може да погледнете в механизма за съхранение на NDB, той може да се справи с таблични пространства което просто може да ви позволи да съхранявате данни на няколко места.