Как мога да оптимизирам MySQL заявката за актуализация?

Ако все още нямате индекс на number трябва да добавите един -

CREATE INDEX table_number ON table (number);

АКТУАЛИЗИРАНЕ Опитайте това -

UPDATE inv t1
INNER JOIN inv t2
    ON t1.name = t2.name
    AND t1.id <> t2.id
SET t1.flag_qty = 1;

Можете да създадете вашата таблица само с дубликатите, като изберете тези данни директно в друга таблица, вместо първо да правите тази актуализация на флага.

INSERT INTO duplicate_invs
SELECT DISTINCT inv1.*
FROM inv AS inv1
INNER JOIN inv AS inv2
    ON inv1.name = inv2.name
    AND inv1.id < inv2.id

Ако можете да обясните логиката, поради която редовете се изтриват от inv таблица може да се окаже, че целият процес може да се извърши в една стъпка.