Как да използвам множество бази данни с помощта на php?

Нямате нужда от две връзки, ако и двете бази данни са разположени на един и същ mysql-сървър и имате достъп до тях като уникален потребител.

Също така не е необходимо да избирате DB.
Просто използвайте името на базата данни като префикс, когато указвате таблиците:

<?php

mysql_connect("localhost","root","pass") or die(mysql_error());

$query = "SELECT * FROM asteriskcdrdb.cdr";
$result = mysql_query($query)or die(mysql_error());
var_dump($result);

$query2 = "SELECT * FROM pj8v2.tb_did_avalaible";
$result2 = mysql_query($query2)or die(mysql_error());
var_dump($result2);

?>

Истинският проблем във вашия код е:може да има само една активна DB, тя трябва да работи по следния начин:

<?php

$conn1 = mysql_connect("localhost","root","passw0rd") or die(mysql_error());   
$conn2 = mysql_connect("localhost","root","passw0rd",true) or die(mysql_error());

mysql_select_db("asteriskcdrdb",$conn1);
$query = "SELECT * FROM cdr";
$result = mysql_query($query,$conn1);

var_dump($result);


mysql_select_db("pj8v2",$conn2);
$query2 = "SELECT * FROM tb_did_avalaible";
$result2 = mysql_query($query2,$conn2);

var_dump($result2);

?>

Въпреки че няма нужда от 2 връзки, можете да изберете и двете DB, като използвате една и съща връзка.