Добре реших. Ръчно поставих mysql-connector-java-5.1.18-bin.jar
в моята папка sdk:
file:///opt/appengine-java-sdk-1.6.0/lib/impl/
Грешка се променя в по-удобно:
java.sql.SQLException: Access denied for user 'root'@'localhost' (using password: YES)
Благодаря ви обаче за предложенията