Ако направите UPDATE LOW_PRIORITY table ... ще се уверите, че ще изпълни вашата актуализация само когато не прави нищо друго. Освен това не мисля, че има много опции в MySQL.
Също така, това създава ли проблеми сега или просто оптимизирате нещо, което не е проблем? Лично, ако бих групови актуализации като тези, просто бих вмъкнал всички идентификатори в memcached и бих използвал cronjob за актуализиране на всеки 5 минути.
