Намерих решението, трябваше да използвам decode('base64') ... това беше лесен проблем :/
cur = db2.cursor()
#get the file
cur.execute("SELECT mimetype,File,Name FROM ContentFiles WHERE ContentID=10414")
archivo = cur.fetchone()
imagen = open(archivo[2],'wb')
imagen.write(archivo[1].decode('base64'))
imagen.close()
