Проблемът е във формата на вашите json данни, които идват от (асоциативния) $output масив. не искате тези „PER“ в него! опитайте да замените тези редове код:
while($e=mysql_fetch_assoc($q))
$output[]=$e;
print(json_encode($output));
с тези:
while($e=mysql_fetch_assoc($q))
$output[]=$e["PER"];
print ('['.json_encode($output).']');
това ще промени $output от асоциативен масив в стандартен масив от цели числа.
и реда за печат добавя допълнителни квадратни скоби около json данните - което изисква jqplot.